Sie können die Einstellungen von Gemini 2 öffnen, indem Sie oben links in der Menüleiste auf den Gemini 2 Eintrag klicken und aus der Liste die Einstellungen wählen. Im Einstellungen-Fenster werden nun die allgemeinen Einstellungen angezeigt. Hier können Sie die minimale Dateigröße für den Scan festlegen. Sie können auch auswählen, ob Gemini 2 auch nach ähnlichen Dateien scannen, Mitteilungen anzeigen und anonyme Nutzungsdaten an MacPaw senden soll.
In der nächsten Registerkarte, der Ignore-Liste, können Sie nicht nur spezifische Dateien festlegen, die Gemini 2 ignorieren soll, sondern auch Ordner und Dateiendungen, die nicht gescannt werden sollen.
Die letzte Registerkarte in den Einstellungen ist der Bereich „Entfernen“. Hier können Sie festlegen, wo Gemini 2 die gefundenen Duplikate ablegen soll. Entweder direkt in den Papierkorb, in einen anderen Ordner oder sofort löschen. Sie können hier auch festlegen, ob Gemini 2 leere Ordner gleich mit entfernen soll.
Zu guter Letzt können Sie noch einstellen, ob Sie Dateien mit Hard-Links ersetzen möchten. Dabei werden die doppelten Dateien einfach durch Verknüpfungen zu den Original-Dateien ersetzt.